不管是看照片或是本人，任何人第一眼都可以確定蕭美琴是個混血兒。蕭的父親本姓林，祖籍臺灣省台南縣，出生後不久生母去世，被送給蕭姓夫妻收養，改名蕭清芬，因對神學的熱誠和不錯的表現，被臺灣“基督教長老教會”送到美國普林斯頓神學院就讀，並取得了博士學位。蕭清芬在教會活動中認識了蕭美琴的母親——邱碧玉（Peggy Cooley），一個美國人，紐約聯合神學院音樂碩士，先祖中有牧師、醫師、外交官，有蘇格蘭、英格蘭、荷蘭等血統。婚後兩人一起回到了臺灣台南縣到教會任職，後來蕭清芬曾任台南神學院院長。
蕭美琴從小的生活環境就如同其家庭一樣，具有多元的文化背景。1971年8月7日，蕭美琴在日本神戶出生，未滿周歲就隨父母繞了地球一圈，由臺北經泰國、瑞士、比利時、荷蘭最後到美國見外婆。因為父親的職業關係，所以蕭家在臺灣的鄰居也是來自美國、加拿大、英國、日本……各國的都有。在日常語言的使用上，蕭美琴在家與母親講英語，跟奶奶和外面的小朋友則講閩南話，上學後又主要講北京話，到美國讀書又學了日語及其他語言，所以從小就練成了多聲帶語言自然轉換的本領。
但是，蕭美琴的混血兒背景也給其上學帶來了不少困擾，無論是長像，還是生活習慣等，她都常常是學校師生們議論的物件，此種情況一直伴隨她讀完台南師範附小、後甲國中。為了爭取同學、朋友的認同，她拼命用功，參與各種團體活動，想讓自己更優秀，到了初中三年級時，她已是同年級的佼佼者了。不過當時蕭家已確定要舉家移居美國，但她還是參加了高中聯考，並考上了台南女中。
蕭家搬到了美國新澤西州，蕭美琴就近進入蒙特克雷爾高中就讀。這個學校的學生族群背景非常複雜，大約黑人一半、白人一半，亞裔混血兒很少，不管是上課、放學、午餐時，通常是白人一群、黑人一群，雙方涇渭分明，這時候的蕭美琴往往不知道要站到那一邊去，所以過得非常痛苦，期間她最好的朋友都是中南美洲的移民後裔。
高中畢業後選擇大學，歐柏林學院（Oberlin College）的一句話吸引了蕭美琴：“我們相信，一個人可以改變世界”，遂進入該校東亞研究系就讀。這是一所以移民子弟為主的學校，多元化是最大的特色。蕭美琴在學校時是個十足的左派批評者，最有興趣的議題是性別、種族、階級、社會正義等，參加了國際研究社、女性主義社等社團，最好的朋友都是來自巴西、印度、孟加拉等國。但也是這所學校徹底改變了蕭美琴的政治理念。
蕭美琴的父親蕭清芬兼有“台獨”傾向十分明顯的長老教會和神學院的雙重背景，自然臺灣本土意識也非常濃厚，雖然其本身並未積極投身於“台獨”運動，但在背後始終支持並關切。不過父親對蕭美琴的影響並不大，上大學在圖書館亞洲圖書部門的打工生活真正改變了她。當時恰好該部門負責人是個臺灣人，搜集了許多黨外書籍，蕭美琴在此第一次看到了史明的《臺灣人四百年史》（一本宣揚“台獨”的臺灣歷史書）和早期的黨外雜誌等，開始用一種完全異於以往的眼光來重新認識臺灣。此後，她又讀了許多相關書籍，呂秀蓮、陳菊、謝雪紅等臺灣女性政治人物成為其最欣賞的偶像，大學畢業論文寫的是《女性與臺灣的民族主義》，主要是比較呂秀蓮與謝雪紅所走的“革命路線”來認識所謂“臺灣民族主義”，此時的蕭美琴在思想上已站到了民進黨這一邊。
民進黨最年輕的一級主管
蕭美琴正式與民進黨接觸是在1991年讀大三期間，當時在看過有關呂秀蓮的書籍後，深受感動，遂主動寫信給呂，呂立刻回信叫蕭回臺灣跟她做，讓蕭欣喜萬分，立即休學一學期赴台成為呂的助理，同時也到民進黨中央黨部做義工。
大學畢業後，蕭美琴考上了哥倫比亞大學東亞研究所，期間她又認識了正在紐約社會學院讀書的陳文茜。在陳的推薦下，蕭經常幫民進黨做一些具體工作，也常接觸到民進黨赴美國訪問的人士。1995年3月蕭離開學校的第一份工作就是民進党駐美代表處的活動執行長。1996年，許信良擔任民進党主席，開始大量任用年輕主管並推動民進黨的轉型工作，蕭被陳文茜推薦擔任“國際事務部”副主任。由於當時的主任很少到党部上班，所以具體事務都落到了蕭的身上。1997年正式擔任主任，此時蕭美琴26歲，是民進黨最年輕的黨務一級主管。雖然此時的蕭美琴什麼事都要做，包括民進黨的“辣妹助選團”都要參加，但她也從此時起慢慢建立起了自己的知名度和可信度，累積了越來越多的對外關係人脈。